Préhistoire récente (Mésolithique, Néolithique) et Protohistoire (Age du Bronze), en Bourgogne (Côte-d’Or, Saône-et-Loire, Yonne) et en Rhône-Alpes (Ain, Loire, Ardèche). Fouilles : habitat et camp de hauteur de Chassey (Néolithique moyen et final, Bronze final, Hallstatt final), habitat en rive de Saône à Ouroux-sur-Saône (Néolithique final), habitat de hauteur du Suc de la Violette à Périgneux-Marieux (Néolithique moyen, Hallstatt), habitat des Charmes à Sermoyer (Mésolithique), etc.
Identification des cultures et reconnaissance de leur succession en Bourgogne orientale, du Néolithique au Bronze ancien. Définition du Chasséen dans le bassin de la Saône, du Néolithique Moyen Bourguignon (« NMB »), des groupes culturels du Néolithique final (groupe de la Saône et groupe du type « Chassey niveau 5 »). Synthèse sur le Néolithique en Bourgogne orientale.
Travaux en cours
Etude des sépultures tumulaires en coffres et en dolmens du Néolithique et de l’Age du Bronze, en Côte-d’Or et Saône-et-Loire (inventaire général, description des structures, analyse du mobilier).
Etude du dépôt du Bronze moyen du Bois de Mont Genièvre à Vic-de-Chassenay (Côte-d’Or).
Etude nouvelle des feuilles de laurier de la cachette de Volgu à Rigny-sur-Arroux (Saône-et-Loire), en collaboration avec J. Combier (chronologie, culture, notion de dépôt), J. Pellegrin (technologie), H. Plisson (tracéologie).
Articles dans une revue
- Jean-Paul Thevenot, Rémi Martineau, Clément Moreau, Christophe Bontemps, Franck Ducreux, et al.. Le Néolithique du bassin versant de la Saône (Saône-et-Loire, Côte-d’Or). Revue archéologique de l'Est - Suppléments, 2015, La Préhistoire en Bourgogne, État des connaissances et bilan 1994-2005, 39, pp.193-206. ⟨hal-03896763⟩
- Jean-Paul Thevenot. Sur la fonction des « sphéroïdes » en tôle de l’Age du bronze. Revue archéologique de l'Est, 2012, 61, pp.315-320. ⟨halshs-01112797⟩
- Dominique Goguey, Yves Pautrat, Jean-Paul Guillaumet, Jean-Paul Thevenot, Laurent Popovitch, et al.. Dix ans d’Archéologie forestière dans le Châtillonnais (Côte-d’Or) : Enclos, Habitats, Parcellaires.. Revue archéologique de l'Est, 2010, 59, pp.99-209. ⟨hal-02972823⟩
- Dominique Goguey, Yves Pautrat, Jean-Paul Guillaumet, Jean-Paul Thevenot, Laurent Popovitch, et al.. Dix ans d'archéologie forestière dans le Châtillonnais (Côte-d'Or) : enclos, habitats, parcellaires. Revue archéologique de l'Est, 2010, 59 (1), pp.99-209. ⟨halshs-00566077⟩
Ouvrages (y compris édition critique et traduction)
- Jean-Paul Thevenot (Dir.). es silex solutréens de Volgu (Rigny-sur-Arnoux, Saône-et-Loire, France). Un sommet dans l'art de la "pierre taillée". Société Archéologique de l'Est, 48, pp.202, 2019, Revue archéologique de l'Est - Suppléments. ⟨halshs-03638850⟩
Chapitres d'ouvrage
- Jean-Paul Thevenot. Les silex de Volgu : une découverte singulière. Les silex solutréens de Volgu (Rigny-sur-Arroux, Saône-et-Loire, France) : un sommet dans l’art de la « pierre taillée », 48, pp.13-43, 2019, supplément à la Revue archéologique de l’Est. ⟨halshs-02955659⟩
- Jean-Paul Thevenot, J.-D. Kilby, J. Pelegrin. Les silex de Volgu revisités. Les silex solutréens de Volgu (Rigny-sur-Arroux, Saône-et-Loire, France) : un sommet dans l’art de la « pierre taillée », 48, pp.155-160, 2019, supplément à la Revue archéologique de l’Est. ⟨halshs-02955665⟩
- Jean-Paul Thevenot, Rémi Martineau, Clément Moreau, Olivier Lemercier, Christophe Bontemps, et al.. Le Néolithique du bassin versant de la Saône (Saône-et-Loire, Côte-d’Or). Martineau R., Pautrat Y., Lemercier O. La Préhistoire en Bourgogne : état des connaissances et bilan 1994-2005, Supplément à la Revue Archéologique de l’Est ; 39, Société Archéologique de l'Est, pp.193-206, 2015, La Préhistoire en Bourgogne. État des connaissances et bilan 1994-2005, 978-2-915544-31-X. ⟨halshs-01262019⟩
- Rémi Martineau, Olivier Lemercier, Christophe Bontemps, Franck Ducreux, Pascal Duhamel, et al.. Quelques perspectives pour le Néolithique de Bourgogne. Réflexions pour une programmation des recherches. Martineau R., Pautrat Y., Lemercier O. La Préhistoire en Bourgogne : état des connaissances et bilan 1994-2005, Supplément à la Revue Archéologique de l’Est ; 39, Société Archéologique de l'Est, pp.237-249, 2015, La Préhistoire en Bourgogne. État des connaissances et bilan 1994-2005, 978-2-915544-31-X. ⟨halshs-01262014⟩
Documents récupérés de l'archive ouverte HAL 
Conservateur général honoraire du Patrimoine.
Directeur du Service des Antiquités préhistoriques de Bourgogne de 1972 à 1990.
Détaché au CNRS en 1991 et 1992. Directeur de l’UMR 5594 « Archéologie » de 1993 à 1998.
Directeur de la Revue archéologique de l’Est de 1988 à 1998.